W styczniu 2015 Mejía za sumę czterech milionów dolarów przeszedł do meksykańskiej drużyny CF Monterrey. W tamtejszej Liga MX zadebiutował 11 stycznia 2015 w przegranej 0:1 konfrontacji z Universidadem de Guadalajara, od razu zostając podstawowym graczem zespołu. Nie spełnił jednak do końca pokładanych w nim oczekiwań, wobec czego już po sześciu miesiącach na zasadzie wypożyczenia powrócił do Atlético Nacional. Już w sezonie Finalización 2015 – będąc filarem środka pola – zdobył czwarte w karierze mistrzostwo Kolumbii, zaś w 2016 roku wywalczył swój drugi superpuchar kraju. Wówczas także triumfował z ekipą Reinaldo Ruedy w najbardziej prestiżowych rozgrywkach południowoamerykańskiego kontynentu – Copa Libertadores.
Latem 2016 Mejía powrócił do Meksyku, zasilając Club León.