Działania niepożądane Bilastyna jest lekiem przeciwhistaminowym o bardzo niskim Kd (44). Lek silnie wiąże się więc z receptorem H1 (pięć razy silniej niż feksofenadyna), a z innymi receptorami (alfa adrenergicznym, serotoninergicznym czy receptorem acetylocholinowym) – w niewielkim stopniu. Dzięki temu bilastyna nie ma praktycznie żadnych istotnych działań niepożądanych, a ich ewentualne występowanie jest zbliżone do działań niepożądanych podczas podawania placebo.
Badania kliniczne wykazały, że najczęściej zgłaszanymi działaniami niepożądanymi u pacjentów przyjmujących bilastynę w dawce 20 mg należały: ból głowy, senność, zawroty głowy i zmęczenie. Przy tym występowały one z częstotliwością podobną, jak u pacjentów przyjmujących placebo (12,7% w stosunku do 12,8%). Badania potwierdzają, że w odniesieniu do desloratadyny, bilastyna wywołuje znacznie mniej objawów niepożądanych (32,6% dla desloratadyny w stosunku do 28,3% dla bilastyny). Zestawiona z cetyryzyną, wykazuje mniejsze natężenie senności (4,8% dla cetyryzyny w stosunku do 0,4% dla bilastyny) i zmęczenia (7,5% dla cetyryzyny w stosunku do 1,8% dla bilastyny) po jej zażyciu.