Systematyka Pierwszym przedstawicielem rodzaju Caipirasuchus uwzględnionym w analizie filogenetycznej jest C. montealtensis. Według Andradego i Bertiniego (2008) był on taksonem siostrzanym dla Sphagesaurus huenei, wobec czego autorzy włączyli ten gatunek do rodzaju Sphagesaurus. W późniejszych latach opisywano kolejne gatunki należące do Notosuchia. W 2011 roku Iori i Carvalho nazwali gatunek Caipirasuchus paulistanus, który według przeprowadzonej przez nich analizy jest bliżej spokrewniony ze Sphagesaurus montealtensis i Armadillosuchus niż ze Sphagesaurus huenei. Analiza Ioriego i in. (2013), wykonana po dodatkowym wypreparowaniu holotypu i odkryciu drugiego okazu S. montealtensis, zasugerowała, że jest on gatunkiem siostrzanym dla C. paulistanus, dlatego przenieśli go do rodzaju Caipirasuchus. Ich wynik potwierdziła również późniejsza analiza przeprowadzona przez Pola i współpracowników (2014), według której C. stenognathus jest gatunkiem siostrzanym dla kladu obejmującego dwa pozostałe gatunki Caipirasuchus.