przyjmuje tożsamość jednego z nazistowskich naukowców pracujących w placówce na Księżycu i infiltruje ją. Udaje mu się zdobyć kody, ale po powrocie na Ziemię odkrywa, że Strasse przypuścił atak na siedzibę ruchu oporu, pojmując niektórych jego członków.
Ruch oporu wykorzystuje kody i wykręcacz, aby zaatakować placówkę Strassego. Po odbiciu i uwolnieniu członków ruchu oporu Blazkowicz rusza do warsztatu Trupiej Główki. Okazuje się, że posiada on mózg żołnierza, którego Blazkowicz wybrał do uśmiercenia czternaście lat wcześniej, i umieszcza go w robocie. Po pokonaniu go i zniszczeniu mózgu zabija Trupią Główkę, odnosi jednak poważne obrażenia, uniemożliwiające mu udanie się do punktu zbornego. Blazkowicz rozkazuje ruchowi uporu wykorzystanie kodów i zniszczenie placówki. Po napisach końcowych słychać nadlatujący helikopter.
Rozgrywka Wolfenstein: The New Order to gra łącząca cechy dwóch gatunków – przygodowej gry akcji oraz first-person shootera. Gracz eliminuje przeciwników w lokacjach, których kolejność jest odgórnie narzucona przez fabułę.