W latach 2012–2013 rozegrał w barwach Olimpii 45 meczów ligowych i strzelił 9 goli.
Wiosną 2014 Silva został piłkarzem argentyńskiego Club Atlético Lanús, w którego barwach 16 lutego 2014 w przegranym 0:3 spotkaniu z Atlético Rafaela zadebiutował w tamtejszej Primera División, od razu zostając ważnym graczem w linii obrony. W tym samym roku był wypożyczony do urugwajskiego Peñarolu. W latach 2015–2016 ponownie wypożyczono go do Olimpii, gdzie znów prezentował dobrą formę strzelecką. W 2018 roku przeszedł do kanadyjskiego CF Montréal (MLS), dla którego rozegrał 31 meczów i strzelił 5 bramek.
W 2019 roku Silva na stałe wrócił do Olimpii Asunción i stał się jej legendą. W latach 2019–2023 zdobył z klubem kilka tytułów mistrza Paragwaju (m.in. Apertura i Clausura 2019, Clausura 2020). W tym okresie strzelił ponad 40 goli w lidze, umacniając się na pozycji rekordzisty wśród obcokrajowców w historii klubu. Po krótkich epizodach w Club Libertad (2024, gdzie został mistrzem) i Recoleta FC (2025), w styczniu 2026 po raz czwarty w karierze podpisał kontrakt z Olimpią.