W związku z tym Zofia Skołozdro podjęła inicjatywę prowadzenia nauki w konspiracji i organizowania tajnego nauczaniaJacek Chrobaczyński, Tajne nauczanie, W latach II wojny światowej i konspiracji, w: Sanok. Dzieje miasta, Praca zbiorowa pod redakcją Feliksa Kiryka, Kraków 1995, s. 687.. Początkowo prowadziła Gimnazjum i Liceum w formie tajnej od października 1939 do kwietnia 1940, po czym ta działalność została zaprzestana wobec groźby śledztwa i ujawnienia. W wyniku kontaktu z przedstawicielami z Krakowa z 1941 (Jan Smoleń i Włodzimierz Gałecki, Karol Ziarno ps. „Sikora”), latem 1942 w ramach Powiatowej Delegatury Rządu – Sanok została przewodniczącą Powiatowej Komisji Oświaty i Kultury w SanokuJacek Chrobaczyński, Tajne nauczanie, W latach II wojny światowej i konspiracji, w: Sanok. Dzieje miasta, Praca zbiorowa pod redakcją Feliksa Kiryka, Kraków 1995, s. 691. i kontynuowała misję tajnego nauczania w Sanoku i ziemi sanockiej (w tej działalności pracowali wówczas m.in. Józef Stachowicz, Jadwiga Zaleska, Władysław Szombara). W tym czasie Zofia Skołozdro działała pod pseudonimem „Orlińska”. Działała w podziemnym ruchu oporu: we własnym mieszkaniu zorganizowała punkt kontaktowy dla kurierówJacek Chrobaczyński, Tajne nauczanie, W latach II wojny światowej i konspiracji, w: Sanok.