W Muzeum Brytyjskim zorganizował znaną wystawę The First Emperor o Qin Shi Huangu, z (choć w małej liczbie) jego Terakotową Armią, która została zmontowana w 2008 roku w czytelni British Museum. W tym samym roku zaproponowano mu zastąpienie Philippa de Montebello na fotelu dyrektora Metropolitan Museum of Art w Nowym Jorku, ale MacGregor odmówił, wyrażając swój sprzeciw dotyczący płatnego wstępu do tego muzeum. W 2010 roku rozpoczął swoją serię Historia Świata w 100 obiektach w BBC Radio 4 oraz World Service. Od września 2010 do stycznia 2011 wypożyczył Cylinder Cyrusa na wystawę w Teheranie. Cylinder w przeciągu niespełna roku zobaczyło milion ludzi – co było rekordem popularności wśród eksponatów muzealnych. Za ten sukces MacGregor został nagrodzony przez Elżbietę II Orderem Zasługi.
W 2013 roku został mianowany Honorowym Oficerem Orderu Australii przez gubernatora generalnego Australii Quentin Bryce.
Działalność medialna Zaczął swoją działalność w brytyjskich mediach w 1995 roku programem Painting the World. Następnie przygotował Seeing Salvation dla BBC Three, gdzie opowiadał o tym jak Jezus został przedstawiony w słynnych obrazach.