W czasie II wojny światowej Niemcy nie zawiesili działalności Instytutu, którym w dalszym ciągu nieformalnie kierował Zagrodzki. Za jego przyzwoleniem lub inspiracji wytwarzano tu preparaty znieczulające, które przekazywano partyzantom i substancje chemiczne do sabotażu. W 1941 roku został aresztowany przez Gestapo i wywieziony do więzienia na zamku w Lublinie. Po zwolnieniu z powodu ciężkiej choroby zmarł w 1941 roku w Puławach. Został tam pochowany.
Kazimierz Zagrodzki w 1919 roku ożenił się z Łucją Pracką.
Ordery i odznaczenia Krzyż Srebrny Orderu Wojskowego Virtuti Militari nr 7498 – 17 maja 1922 Krzyż Komandorski Orderu Odrodzenia Polski Krzyż Niepodległości z Mieczami – 20 stycznia 1931 „za pracę w dziele odzyskania niepodległości” Krzyż Oficerski Orderu Odrodzenia Polski – 2 maja 1923 „za zorganizowanie i przeprowadzenie w bardzo trudnych warunkach akcji zwalczania księgosuszu w Rzeczypospolitej Polskiej” Złoty Krzyż Zasługi dwukrotnie: po raz pierwszy 10 listopada 1928M.P. z 1928 r. nr 260, poz.