W 1304 roku na zaproszenie byłego cesarza Kameyamy (亀山天皇, pan. 1260–1274) Nampo przybył do Kioto i w następnym roku został opatem Manju-ji (萬壽寺), gdzie jego uczniem został Shūhō Myōchō (1282–1338). Były cesarz Go-Uda (後宇多天皇, pan. 1274–1287) wybudował dla niego klasztor Kagen, jednak na skutek sprzeciwu hierarchii tendai z góry Hiei, niezadowolonej ze stylu i nauk zen, Nampo nie mógł przejąć tej świątyni. Przeniósł się więc do Kamakury, gdzie szybko został opatem Shōkan-ji. W końcu został opatem Kenchō-ji.
Prowadził ten najbardziej szanowany klasztor zen w Japonii przez rok. Jak przepowiedział, zmarł 29 dnia 12 miesiąca 1308 roku. Przed śmiercią napisał wiersz: Karciłem wiatr i lżyłem deszcz, Nie znam Buddy i patriarchów; Moja jedna czynność zmieniła się w mrugnięcie okiem, Nawet szybciej niż błyskawica.Heinrich Dumoulin. Zen Buddhism: a History. Japan. Str. 40 Otrzymał pośmiertny tytuł Enzū Daiō Kokushi (圓通大應國師), który zwykle jest skracany do Daiō Kokushi. Cesarz zażądał, aby jego prochy zostały złożone w świątyni Ryōshō-ji, wybudowanej specjalnie w tym celu.