W obliczu zagrożenia konfliktem zbrojnym w sierpniu 1939 został mianowany dowódcą Ośrodka Zapasowego 16 Pomorskiej Dywizji Piechoty, po czym trafił z jednostką do Radomia. Po wybuchu II wojny światowej na początku kampanii wrześniowej, z rozkazu ppłk. dypl. Bronisława Kowalczewskiego 3 września 1939 dokonał sformowania improwizowanego pułku zbiorczego w Ośrodku Zapasowym 16 Dywizji Piechoty, stanowiącym siłę ok. 2400 ludzi i został jego dowódcą w ramach Grupy „Kielce” płk. Kazimierza Glabisza. Pułk został przewieziony transportem kolejowym do Skarżyska-Kamiennej i obsadził stanowiska w okolicach Zagnańskiem i Kajetanowem. Tadeusz Knopp wykazał się męstwem podczas walk z Niemcami w rejonie Lekomina, kopalni Barcza i Kajetanowa, gdzie 6 września 1939 jego pułk został rozbity w walkach z niemiecką 2 Dywizją Lekką. Dwa dni później, 8 września podpułkownik Knopp wraz z pozostałościami pułku dokonał przeprawy przez Wisłę usiłując scalić się z siłami Ośrodka Zapasowego 16 Dywizji Piechoty, które wcześniej nie zostały włączone w skład improwizowanego pułku.