Z powodu powiększenia się lwóweckiej szkoły za czasów rektora Andrzeja Brettiusa postanowiono rozdzielić część łacińską od niemieckiej. W klasztorze przyszykowano mieszkanie dla nauczyciela oraz jedną salę lekcyjną i umieszczono tam szkołę łacińską. W 1611 przystosowano kolejne dwie klasy. Na Lwówek spadały kolejne nieszczęścia: powstanie chłopskie w latach 1620-22, zdobycie miasta przez lisowczyków w 1622 r. i zaraza w latach 1624-25. W tych okolicznościach szkoła przestała działać w roku 1624. 29.07.1628 r. pękł dzwon kościelny. W 1629 r. zamknięto całkiem kościół i klasztor.
Wojna trzydziestoletnia Razem z armią austriacką do Lwówka przybył mnich i zamieszkał w klasztorze. Gdy miasto zostało zajęte przez wojska saskie, brandenburskie i szwedzkie, zakonnik musiał uciekać. Pewnego razu żołnierze zaczęli zrywać dach i przestali, dopiero gdy rada miejska zapłaciła okup. Gdy zmieniły się koleje wojny do klasztoru powrócił mnich. Z powodu maruderów plądrujących okolice mieszkańcy bali się grzebać zmarłych na cmentarzu poza miastem. Poprosili więc mnicha o zgodę na użycie w tym celu dziedzińca klasztornego, na co ten przystał za stosowną opłatą. 15.06.1644 r. zawalił się strop świątyni. 26.07.1652 r. znaleziono mnicha martwego w łóżku. Klasztor i kościół pozostawał w ruinie. W 1629 r.