Gdy wieść o tym dotarła do Głównej Kwatery Imperialnej w Tokio, na naprędce zwołanej naradzie sztabowej zdecydowano, że nie da się wspierać jednocześnie obu frontów: na Nowej Gwinei i Guadalcanalu. Zdaniem Hyakutake miał on tylko tyle sił, by pokonać sprzymierzonych na Wyspach Salomona. Przygotowywał właśnie wysłanie dodatkowych sił na Guadalcanal celem odebrania wreszcie Amerykanom znajdującego się tam lotniska. Mając poparcie japońskiego Sztabu Generalnego wydał rozkaz gen. Horii'emu wycofania wojsk ze szlaku Kokoda do czasu wyparcia Amerykanów z Guadalcanalu. Wyczerpane kilkutygodniowymi walkami oddziały japońskie utknęły w miejscu, a linie zaopatrzenia na szlaku Kokoda zostały zerwane. Nieznaczne ilości żywności zdobyte na Australijczykach okazały się niewystarczające, a zapasy w Myola były zniszczone. Gen. Horii uznał, że głodny i fizycznie osłabiony żołnierz nie będzie w stanie ani atakować, ani nawet obronić zdobytych dotąd pozycji. 28 września zaczął się odwrót.