Otrzymał od Shūhō kōan znany jako "bariera Yunmena". Po dwóch latach pracy nad nim osiągnął oświecenie, miał wtedy ponad 50 lat. Mistrz poradził mu aby udał się na odosobnienie, co Kanzan zrealizował w górach Ibuka w prowincji Gifu. Przebywał tam przez osiem lat wśród wieśniaków, którym pomagał w pracy w polu i przy hodowli trzody. Noce spędzał na medytacji siedząc na skale. Mistrz Shūhō polecił go swojemu dobroczyńcy i przyjacielowi, byłemu cesarzowi Hanazono (pan. 1308–1318), który zamierzał przekształcić swoją wiejską posiadłość na zachodnim krańcu Kioto w świątynię buddyjską, w której mógłby studiować buddyzm i praktykować medytację. Egen zrealizował ten zamiar cesarza i został opatem klasztoru Myōshin w 1342 roku.
Styl praktyki w tym maleńkim wówczas klasztorze był bardzo rygorystyczny. Dachy przeciekały i budynki nie chroniły kilku praktykujących w nim mnichów zbytnio przez kaprysami pogody. Mnisi żyli w biedzie. Odwiedził ich tam Musō Soseki (1275–1351), który był pod wielkim wrażeniem ducha ubóstwa panującego w klasztorze. Po powrocie do swojego klasztoru powiedział uczniom, że przyszłość japońskiego zenu kształtuje się w Myōshin-ji. Ten duch praktyki w ubóstwie został przekazany następnym pokoleniom szkoły rinzai. Wielu mnichów nie wytrzymywało surowości praktyki u Kanzana i odchodziło.