W tym czasie do zasobu archiwalnego trafiły akta z przedwojennych polskich urzędów: Urzędu Wojewódzkiego Pomorskiego, Kuratorium Okręgu Szkolnego Pomorskiego oraz Komendy Wojewódzkiej Policji Państwowej.

W latach 1945–1947 archiwum ponownie podporządkowano archiwum w Poznaniu, a od 1947 roku stało się samodzielnym Archiwum Państwowym właściwym dla województwa pomorskiego, a od 1950 roku dla województwa bydgoskiego.

Dyrektorzy archiwum: 1918–1927 Mieczysław Białynia-RzepeckiDzieje biurokracji tom X (2019) Mieczysław Białynia-Rzepecki (1862-1927) – biurokrata archiwistą 1927–1939 Tadeusz Esman 1945–1952 Tadeusz Esman 1952–1953 Czesław Skopowski 1953–1967 Józef Augustyn 1967–1980 Franciszek Fedorowicz 1980–1982 Anna Perlińskadr Anna Perlińska 1982–2004 Janusz Kutta 2005-nadal Eugeniusz Borodij

Zasoby archiwum Zasób archiwalny bydgoskiego archiwum liczy sobie ponad 10 km akt i obejmuje m.in.