Od 2015 r. muzeum tworzy kolekcję porcelany, fajansu i szkła z wytwórni znajdujących się na ziemiach polskich. Część kolekcji zaprezentowana została na wystawie "Ładne i użyteczne. Porcelana. Szkło. Fajans" w Muzeum im. ks. dr. Władysława Łęgi w Grudziądzu. W 2020 r. muzeum zostało wyróżnione statuetką „Dobosz Powstania Wielkopolskiego”, przyznawaną przez Zarząd Główny Towarzystwa Pamięci Powstania Wielkopolskiego 1918/1919.
Aktualnie w muzeum prezentowana jest stała ekspozycja, poświęcona dziejom miasta oraz ziemi krajeńskiej. Obejmuje ona eksponaty, począwszy od pradziejów (wystawa powstała we współpracy z Muzeum Okręgowym w Bydgoszczy), skończywszy na latach II wojny światowej. Ponadto prezentowana jest bogata kolekcja nakielskich pocztówek, ekspozycja etnograficzna oraz wystawa biograficzna, poświęcona Klemensowi Biniakowskiemu – lekkoatlecie i działaczowi sportowemu. Natomiast w przymuzealnym ogrodzie urządzono lapidarium, w którym eksponowane są m.in.