18 października 2015, w wygranym 3:1 meczu z Cracovią, zdobył swojego pierwszego hat-tricka dla „Wojskowych”.
W sezonie 2015/2016 sięgnął z Legią po mistrzostwo i Puchar Polski, będąc jednocześnie najskuteczniejszym strzelcem obu rozgrywek – strzelając w nich odpowiednio 28 oraz 6 goli. W trakcie tamtego sezonu strzelił przynajmniej jedną bramkę każdemu z 15 zespołów grających przeciwko warszawskiej drużynie w Ekstraklasie. Po sezonie otrzymał nagrody dla najlepszego piłkarza oraz najlepszego napastnika Ekstraklasy.
W sezonie 2016/2017 strzelając 5 bramek w fazie kwalifikacyjnej znacząco przyczynił się do awansu Legii do fazy grupowej Ligi Mistrzów, w której zadebiutował 14 września 2016 w meczu z Borussią Dortmund (0:6). 22 listopada 2016 w rewanżowym spotkaniu z BVB, rozgrywanym w Dortmundzie, zdobył swoją pierwszą bramkę w tych rozgrywkach. Spotkanie zakończyło się porażką Legii 4:8 i przeszło do historii jako mecz, w którym padło najwięcej goli w historii Ligi Mistrzów. Ostatecznie Nikolić zagrał w 5 meczach fazy grupowej strzelając jednego gola, natomiast Legia zajęła 3. miejsce w grupie F (przed Sportingiem CP, za BVB i Realem Madryt) i awansowała do 1/8 finału Ligi Europy. W rozgrywkach krajowych strzelał rzadziej, niż w poprzednim sezonie – pierwsze dwie bramki zapisał na swoim koncie w meczu 7.