Murphy interesował się również lokalną młodzieżą, do obserwacji krajowych spotkań oddelegował Joe Armstronga, wspólnie przekonywali młodych utalentowanych chłopców do dołączenia do klubu. Po latach Jimmy Murphy twierdził, że Manchester United jako pierwszy klub zaczął szkolić własnych piłkarzy. Innowacyjność podejścia do szkolenia młodzieży została dostrzeżona również przez prasę – w Daily Mirror z 16 maja 1950 roku ukazał się artykuł na temat obozów piłkarskich prowadzonych przez walijskiego trenera. Dzięki indywidualnemu podejściu do zawodników już w tym samym roku sześciu zawodników awansowało do rezerw, a jeden – Whitefoot – awansował do pierwszej drużyny.
W 1948 roku do Manchesteru przeprowadziła się rodzina Murphy’ego oraz urodził się kolejny syn – Nick, a on sam mając rodzinę bliżej czuł się bardziej komfortowo. Poświęcał się projektowi odbudowy klubu jak tylko mógł, doglądał kilka grup wiekowych, a jeśli któryś z piłkarzy robił znaczące postępy relacjonował to Mattowi Busby’emu. Ponadto każdego dnia trenował drużynę rezerw, a dwa razy w tygodniu dodatkowo zajmował się indywidualnie młodszymi zawodnikami.