W 1655 r. zamek prawdopodobnie nie był atakowany przez Szwedów i był jednym z nielicznych miejsc w Polsce, które nie zostały zajęte przez nich podczas Potopu (obok Łańcuta, Gdańska, Jasnej Góry, Zamościa). Przyczyną tego stanu rzeczy mogły być ewentualne rokowania kasztelana krakowskiego Stanisława (III) Warszyckiego z okupantem, jednak na uwagę zasługuje fakt, że twierdza była wówczas silnie umocniona, niezwykle nowoczesna i bardzo dobrze zaopatrzona, a więc zupełnie nieosiągalna dla zbyt nielicznych na tym terenie oddziałów wojsk szwedzkich. W 1657 roku Warszycki na zamku w Dankowie gościł powracającego do kraju króla Jana Kazimierza, królową Marię Ludwikę, Stefana Czarnieckiego i senatorów. Na zamku przez kilka miesięcy znajdował się cały dwór i centrum polityczno-administracyjne Rzeczypospolitej Obojga Narodów. Tu toczyły się negocjacje polityczne z udziałem przedstawicieli cesarza, tu znajdowała się generalicja, tu przyjmowano poselstwa zagraniczne, stąd wydawano rozkazy i wysyłano listy królewskie. Według tradycji jasnogórskiej, przed sławetnym oblężeniem klasztoru, kasztelan krakowski wsparł zakonników 12 ciężkimi działami, które przesłał z Dankowa oraz stadem wołów.