Musō jest często porównywany do wielkiego chińskiego mistrza chan Zhongfenga Mingbena, który również uwielbiał samotność i był wzorem dla niego.
Opat Nanzen-ji i Engaku-ji 1325 rok jest rokiem zmiany w życiu Musō. Cesarz Go-Daigo (後醍醐, pan. 1318-1339) wezwał go do objęcia stanowiska opata w klasztorze Nanzen w Kioto. Musō chciał znowu tego uniknąć, jednak Hōjō Takatoki (1303–1333) doradził mu zgodzić się z żądaniem cesarza. Musō stał się opatem najsłynniejszego klasztoru zen w Japonii. Mimo iż zjednał sobie wszystkich, zrezygnował ze stanowisko po roku. Niepewna sytuacja polityczna spowodowała, że opuścił Kioto jesienią 1326 roku i w Ise wybudował świątynię Zennō. Na prośbę sioguna mieszkał jednak w Jōchi-ji w Kamakurze i nadzorował szybką budowę klasztoru Zuisen.
W 1329 po nieudanym oporze musiał zostać opatem klasztoru Engaku. Stanowisko to zajmował także przez rok, chociaż zreformował ten całkowicie skorumpowany klasztor. Następnie miał zostać opatem Kenchō-ji, ale opuścił Kamakurę i powrócił do rodzinnego Kai, gdzie w 1330 roku przy pomocy rodziny Nikaidō wybudował klasztor Erin. Zamieszkał obok niego w pustelniHeinrich Dumoulin. Zen Buddhism: a History. Japan. Str. 160.