W reprezentacji Polski zadebiutował 12 kwietnia 2011 w meczu z reprezentacją Macedonii, który Polska przegrała 2:3 i Michał Kubik zdobył jedną z dwóch bramek. W 2011 roku zagrał w eliminacjach do Mistrzostw Świata, a dwa lata później w eliminacjach do Mistrzostw Europy. W obu turniejach eliminacyjnych strzelił po jednej bramce. W sumie dla reprezentacji Polski zdobył 47 bramek. Uczestniczył w Mistrzostwach Europy w futsalu 2018, w decydującym meczu o awansie z Węgrami strzelił dwa gole, a w samym turnieju strzelił gola w meczu z Rosją na 9.3 sekundy przed końcem meczu, uczestniczył też w Mistrzostwach Europy w futsalu 2022. W dniu 17 grudnia zagrał po raz 150 dla reprezentacji Polski. W dniu 17 grudnia 2025 roku w meczu z Arabią Saudyjską wybiegł na boisko 161 raz wyrównując rekord występów Bartłomieja Nawrata. Dzień później w meczu z Rumunią stał się samodzielnym rekordzistą występów mając 162 występyNa podstawie własnych statystyk i prywatnej korespondencji z zawodnikiem. Po Euro 2026 zakończył karierę reprezentacyjną.