Drugą ustawę o ochronie przyrody przyjęto w 1957 roku, a w tym samym roku na mocy dekretu rządowego ustanowiono cztery państwowe obszary chronione (Vaika, Viidumäe, Matsalu, Nigula) i 28 innych obszarów chronionych.
Po odzyskaniu przez Estonię niepodległości w 1991 roku system ochrony przyrody został zreformowany. W 1993 roku utworzono parki narodowe Soomaa i Karula, a rezerwat przyrody Vilsandi został poszerzony i przekształcony w park narodowy.
Po wejściu Estonii do Unii Europejskiej w 2004 roku, 10 maja tego samego roku przyjęto kolejną ustawę o ochronie przyrody, która wprowadziła „obszary ochrony”.
Obecnie (2020) na terenie Estonii znajduje się 6 parków narodowych – obszarów prawnie chronionych, wyróżniających się ekosystemami o szczególnych wartościach przyrodniczych, krajobrazowych i dziedzictwa kulturowego. Wszystkie parki zarządzane są przez Keskkonnaamet (tłum. „radę ds. środowiska”).