W 1998 Mayall został bardzo poważnie ranny w wypadku, do jakiego doszło niedaleko jego domu w hrabstwie Devon, gdy aktor jeździł na quadzie. Został przetransportowany śmigłowcem do szpitala w Plymouth, gdzie stwierdzono u niego dwa krwiaki mózgu, określono jego stan jako bezpośrednio zagrażający życiu i wprowadzono go na 96 godzin w stan śpiączki farmakologicznej. Choć aktor powrócił później do stosunkowo normalnego życia, nigdy nie odzyskał pełnej sprawności fizycznej i intelektualnej sprzed wypadku, co wpłynęło negatywnie na jego karierę. Po latach stwierdził, iż mimo wszystko wypadek okazał się w pewnym sensie pozytywnym wydarzeniem w jego życiu, bo mając świadomość, jak bardzo bliski był śmierci, nie pozwolił sobie później na kryzys wieku średniego, lecz nawet jako pięćdziesięciolatek cieszył się z samego faktu, że żyje.

Śmierć Mayall zmarł nagle w swoim domu w Londynie wczesnym popołudniem w dniu 9 czerwca 2014. Miał 56 lat. Zgodnie ze standardową procedurą w przypadku nagłych zgonów na miejsce zostali wezwani funkcjonariusze Metropolitan Police Service, jednak jeszcze tego samego dnia policja wykluczyła udział osób trzecich w śmierci aktora i zapowiedziała, iż kwestia ta nie będzie przez nią bardziej szczegółowo badana.