Po rozpoczęciu 22 czerwca 1941 roku agresji niemieckiej na ZSRR, „Pikker” został okrętem sztabowym Rady Wojennej floty – kabiny prezydenckie zajął dowódca floty Władimir Tribuc. Gdy Niemcy rozpoczęli atak na Tallinn, zdecydowano się ewakuować miasto. „Pikker”, poza zakwaterowanymi już członkami Rady Wojennej, zabrał na pokład kilku najważniejszych notabli komunistycznych ESRR. Wypłynął z Tallina w nocy 27/28 sierpnia w ramach 2. dywizjonu osłaniającego ewakuację wojsk. Po drodze udzielił pomocy rozbitkom z poderwanego na minie lidera „Minsk” (typu Leningrad), ratując łącznie 78 ludzi. „Pikker” wraz z towarzyszącymi mu okrętami podwodnymi był atakowany przez wrogie samoloty, jednak żadna ze zrzuconych bomb nie zdołała dosięgnąć celu. Bazę w Kronsztadzie osiągnął 29 sierpnia. Po kilkudziesięciu dniach „Pikkera” przebazowano do Leningradu, gdzie został przezbrojony – zamiast dwóch dział kalibru 75 mm zamontowano trzy działa kalibru 45 mm. Okręt do końca wojny pozostał w bazie, zmieniając nazwę na „Kijew” ( „Киев”) 2 grudnia 1941 roku, na „Ługa” ( „Луга”) 15 marca 1943 roku i być może na „Ilmen” ( „Ильмень”) w 1944 roku.