Po stracie tytułu, walczył w UFC jeszcze dwukrotnie nokautując wysokim kopnięciem Shoniego Cartera na UFC 32 oraz przegrywając z Mattem Lindlandem przez TKO na gali UFC 36.
International Fight League W latach 2006–2008 prowadził drużynę Quad City Silverbacks (później Miletich Fighting Systems) w International Fight League. Wraz z drużyną wygrał pierwszy sezon IFL w 2006 roku. W IFL stoczył również pojedynek w ramach "superfightu", 23 września 2006 przegrał przez poddanie z głównym trenerem New York Pitbulls Renzo Gracie. W 2008 organizacja popadła w ogromne długi i została zamknięta. Jeszcze w tym samym roku 11 grudnia wygrał przez KO z Thomasem Dennym. Po tym zakończył zawodową karierę i skupił się na prowadzeniu klubu. Od 15 lat szkoli służby bezpieczeństwa m.in. policję i wojsko. Komentował również gale Strikeforce od 2009 roku.
6 lipca 2014 został włączony do Galerii Sław UFC (ang. Hall of Fame).
Życie prywatne Miletich ma trzy córki. Jest zadeklarowanym wolnomularzem.