Zespół od tego momentu występował pod nazwą KS Gniezno. Pierwszy sezon w rozgrywkach ogólnopolskich okazał się udany, ponieważ jako beniaminek III ligi zawodnicy z Pierwszej Stolicy Polski uzyskali awans do wyższej klasy rozgrywek. W wyniku reorganizacji rozgrywek zespół od sezonu 2008/2009 występował na parkietach I Polskiej Ligi Futsalu organizowanej przez Polski Związek Piłki Nożnej. Przez wielu została uznana za "rewelację rozgrywek" kończąc je na 4 miejscu. W latach 2012/2015 klub posiadał także sekcję piłkarską. W pierwszym sezonie piłkarze Klubu Sportowego zajęli pierwsze miejsce w Klasie B, naste piłkarze z Gniezna występowali w grupie Poznań I Klasy A. We wrześniu 2015 roku w momencie fuzji 3 klubów piłkarskich, sekcja futsalu została wciągnięta w szeregi Mieszka Gniezna. Od sezonu 2018/19 klub ponownie występuje pod szyldem KS Gniezno.