Garnizon japoński był mieszaniną oddziałów armii i marynarki. Na samym początku liczyły łącznie około 5500 ludzi. Na lewym skrzydle na aliantów czekały w misji Gona dwa bataliony 41 Regimentu Piechoty oraz elementy 144 Regimentu Piechoty i 15 Regimentu Inżynieryjnego, które zajmowały umocnione pozycje wzdłuż drogi Soputa-Sanananda i szlaku ku przylądkowi Killerton. Prawego skrzydła, gdzie znajdowały się zabudowania wioski Buna i stary pas startowy, broniły 3 Batalion 41 Regimentu Piechoty, dywizyjny oddział kawalerii i 47 Batalion Artylerii Przeciwlotniczej z ośmioma działami 75 mm. Prócz tych oddziałów było tam także około 500 żołnierzy piechoty morskiej z 5 Specjalnego Oddziału Desantowego „Yokosuka” i 5 Specjalnego Oddziału Desantowego „Sasebo”. 1 Batalion 41 Regimentu zajmował stanowiska wokół zabudowań misji Gona. W nocy 1/2 grudnia na północ od tego miejsca wylądowało około 1000 żołnierzy z Brygady Yamagata w składzie: dowództwo brygady, 3 Batalion 170 Regimentu Piechoty i bateria artylerii górskiej. Pozostałe elementy Brygady Yamagata (również około tysiąca żołnierzy) wylądowały w nocy 12/13 grudnia w pobliżu ujścia rzeki Mambare.