Po powrocie do Japonii spotkał się w Kioto ze swoim przyjacielem Gidō Shūshinem. Przy jego pomocy został wyznaczony na opata klasztoru Erin w Kai w prefekturze Yamanashi. Przebywał tam przez trzy lata, ale w końcu musiał ustąpić przed ponagleniami ze strony sioguna Yoshimitsu i powrócił do Kioto. Siogun zaoferował mu liczne wysokie urzędy, jednak z powodu nieporozumień, Zekkai został wygnany z Kioto w 1384 roku. W dwa lata później siogun zreflektował się i zezwolił na powrót do Kioto. W latach 1386–1391 Zekkai był opatem Tōji-ji. W 1388 roku zmarł Gidō i Zekkai stał się ostatnim żyjącym uczniem Musō i uznanym liderem ruchu gozanHeinrich Dumoulin. Zen Buddhism: a History. Japan. Str. 174.
W roku 1392 Zekkai został opatem Shōkoku-ji, do którego należał mały klasztor Rokuon-in, będący tradycyjnie już siedzibą urzędu sōrokuUrząd ustanowiony przez Yoshimitsu na wzór chiński (chiń. senglu), który posiadał pełną jurysdykcję nad mnichami i klasztorami należącymi do systemu gozan. Po śmierci mnicha Shun’oku Myōha (także ucznia Musō), szefa tego urzędu, stanowisko to objął Zekkai. Dwukrotnie rezygnował ze stanowiska opata, ale Yoshimitsu natychmiast kazał mu powrócić na nie. Gdy w 1394 klasztor ten uległ pożarowi, Zekkai po raz trzeci został jego opatem i przyczynił się do jego odbudowy.