Przed II wojną światową Panieńskie Skały były pomnikiem przyrody i miejscem chętnie odwiedzanym przez turystów i mieszkańców Lwówka.
Obszar Natura 2000 Decyzją Komisji Europejskiej z 13 listopada 2007, która weszła w życie w lutym 2008, został zatwierdzony obszar mający znaczenie dla Wspólnoty sieci Natura 2000. Pierwotnie obejmował on 9,9 ha. W 2008 jego powierzchnia została zwiększona do 11,5 ha. Większość obszaru ostoi zajmowały wówczas pola uprawne i łąki, ciągnące się na północ od skał. W 2012 tereny te zostały wyłączone spod ochrony. Na mocy rozporządzenia Ministra Środowiska z dnia 21 grudnia 2016 (weszło w życie w marcu 2017) zatwierdzono specjalny obszar ochrony siedlisk o powierzchni 1,06 haRozporządzenie Ministra Środowiska z dnia 21 grudnia 2016 r. w sprawie specjalnego obszaru ochrony siedlisk Panieńskie Skały (PLH020009) ().
Przedmiotem ochrony są: 8220 ściany skalne i urwiska krzemianowe ze zbiorowiskami z Androsacion vandelii 9170 grąd środkowoeuropejski i subkontynentalny ze zbiorowiskami Galio-Carpinetum oraz Tilio-Carpinetum 1421 włosocień delikatny Trichomanes speciosum