W czasie wojny Ōnin (1467-1477) wiele klasztorów Kioto zostało spalonych, wśród nich także i Tōfuku. Został stosunkowo szybko odbudowany. Mimo pożarów w klasztorze przetrwało kilka budynków z początkowego okresu jego istnienia. Brama pochodzi na pewno z okresu Muromachi i tradycyjnie datuje się ją na okres 1235–1238. Wiadomo, że zawaliła się w 1585 roku, ale została szybko odbudowana przez Hideyoshiego. Również z tego samego okresu pochodzą latryna i łaźnia. Budynek medytacji powstał w latach 1249–1256, a biblioteka – 1375–1381. Za panowania Tokugawów budynki zostały poddane renowacjiHeinrich Dumoulin. Zen Buddhism: a History. Japan. s. 251.. Główny budynek został zrekonstruowany w 1934 roku.
W 1655 roku klasztor został odwiedzony przez chińskiego mistrza chan Yinyuana Longqi (1592–1673), założyciela szkoły ōbaku.
W latach 1980–2009 opatem klasztoru był Keido Fukushima (1932–2011).
Jesienią do klasztoru przybywają tłumy pragnące zobaczyć spektakularnie barwne klony (momiji) ze stumetrowej długości mostu Tsūten-kyō.