Na stanowisku administratora parafii wojskowej Lida pozostał do mobilizacji w 1939.
W sierpniu 1939 został kapelanem 135 pułku piechoty, z którym po agresji III Rzeszy na Polskę przeszedł całą kampanię wrześniową i dostał się do niemieckiej niewoliWiesław Jan Wysocki, „Kapelani Wrześniowi”, wyd. Rytm, Warszawa 2001.. Osadzono go w obozie Oflagu II B w ArnswaldeJanusz Pollack, „Jeńcy polscy w hitlerowskiej niewoli”, wyd. MON, Warszawa 1982. (obecnie Choszczno), gdzie prowadził regularną działalność duszpasterską wśród polskich jeńców. thumb|Prochy kpl. ks. Edwarda Szabelskiego pochowano w rodzinnym grobowcu na cmentarzu w Sadownem
Prawdopodobnie ze względu na rolę odgrywaną w środowisku jenieckim kapelani stali się wkrótce obiektem zainteresowania niemieckiej Abwehry. Pod koniec 1939 roku ks. Szabelskiego i trzech innych kapelanów z Oflagu II B odizolowano od reszty jeńców, a następnie przewieziono do Oflagu w Rotenburgu (zgromadzono tam także kapelanów z innych obozów jenieckich). Wiosną 1940 wraz z innymi kapelanami został formalnie zwolniony z niewoli i jako cywil przekazany Gestapo, a następnie osadzony w obozie w Buchenwaldzie (nr 31250Sz. Datner, 1964: Zbrodnie Wehrmachtu na jeńcach wojennych armii regularnych w II wojnie światowej. Wyd. MON, strona 359.).