Na liście klasztorów systemu gozan z 1341 roku Nanzen-ji znalazł się na pierwszym miejscu z klasztorów Kioto, a na pierwszym miejscu z klasztorów Kamakury znalazł się Kenchō-ji. Jednak klasztory z Kioto były już wówczas uważane za nadrzędne wobec klasztorów KamakuryHeinrich Dumoulin. Zen Buddhism: a History. Japan. s. 151..
W 1325 roku cesarz Go-Daigo wyznaczył na opata klasztoru Musō Kokushiego, który po oporze ostatecznie został opatem najsłynniejszego klasztoru zen w Japonii i piastował to stanowisko przez rok. Opuścił go, gdy polityka cesarska zaczęła opanowywać wszystkie dziedziny życia, aby pokonać ród HōjōHeinrich Dumoulin. Zen Buddhism: a History. Japan. s. 159.. Gdy po raz drugi został opatem Nanzen-ji zadbał już o utrzymanie właściwych relacji z dworem cesarskim i równocześnie rozszerzył krąg swoich przyjaciół, do których włączył Takaujiego z zyskującego coraz większą potęgę rodu AshikagaHeinrich Dumoulin. Zen Buddhism: a History. Japan. s. 161..
Opatem Nanzen-ji został także jeden z uczniów mistrza Yishana – Sesson Yūbai, który był reprezentantem literatury gozan, zwłaszcza w jej poważnym, religijnym stylu geju. On i jego następcy rozwinęli ruch gozan do największego rozkwituHeinrich Dumoulin. Zen Buddhism: a History. Japan. s.