W artykule dziennika w 1908 zasugerowano, że przyczyną śmierci Mozarta mógł być niedobór witaminy D, który doprowadził do zaburzeń zdrowotnychW. B. Grant and S. Pilz, Vitamin D deficiency contributed to Mozart's death (2001).
Jest także sugestia, że kompozytor zmarł w wyniku swojej hipochondrii i skłonności do przyjmowania leków patentowych zawierających antymon. W ostatnich dniach było to potęgowane przez recepty na leki z antymonem, aby złagodzić gorączkę, przez co wyraźnie cierpiał.
W artykule w czasopiśmie „Neurology” z 1994 opisano koncepcję, jakoby Mozart zmarł z powodu krwiaka. Uważa się, że czaszka kompozytora została zachowana przez następcę grabarza, który nadzorował pogrzeb Mozarta, a następnie przekazana do salzburskiego anatoma Josefa Hyrtla i Mozarteum w Salzburgu. Rekonstrukcja tkanek miękkich związanych z czaszki ujawnia znaczną zgodność z portretami Mozarta. Badania czaszki sugerowały przedwczesne zamknięcie szwu czołowego, sugerowanego na podstawie jego fizjonomii. Pęknięcie z lewej strony i towarzyszące temu erozje mogły podnieść kwestię przewlekłego krwiaka. Byłoby to zgodne z kilkoma upadkami z 1789 i 1790. Mogły one też spowodować osłabienie, bóle głowy i osłabnięcia, jakie towarzyszyły Mozartowi w dwóch ostatnich latach jego życia.