22 marca 1946 roku uciekł z obozu w towarzystwie kpt. Gracjana Fróga ps. „Szczerbiec” ippor. Leonard Stacewicz „Sęk” - komendant placówki AK Obwód Radzymin, dowódca kompanii w 8 DP AK akcja „Burza” ppor. Leonarda Stacewicza ps. „Sęk”. Wiedząc, że będą poszukiwani w drodze na zachód, przez jakiś czas przemieszczali się w kierunku przeciwnym, na ogół pociągami towarowymi. Ostatecznie po dziesięciu dniach dotarł do Wilna, skąd przedostał się 19 kwietnia do Poznania pociągiem repatriacyjnym.
Okres powojenny thumb|Grób Jana Mickunasa na cmentarzu Powązkowskim
Po 1956 roku otrzymał stopień majora. W 1962 roku został zatrudniony jako kierownik wyszkolenia Polskiego Związku Jeździeckiego, a następnie jako trener w Zakładzie Koni Eksportowych w Stadninie Koni w Chyszowie, dzielnicy Tarnowa, gdzie pod jego okiem edukację jeździecką rozpoczął syn Wojciech Mickunas, późniejszy olimpijczyk, trener jeździectwa i ekspert hipologii.
Pracował także w Centrum Wyszkolenia Jeździeckiego w Poznaniu Woli. Był również sędzią międzynarodowym w jeździectwie, autorem opracowań i tłumaczeń.