W grudniu 2003 na ochotnika pojechał do Iraku. Został przydzielony do 3rd Civil Affairs Group stacjonującej w miejscowości Al-Falludża. Podczas służby został awansowany na sierżanta i odznaczony Combat Action Ribbon oraz Navy Commendation Medal. Do domu wrócił we wrześniu 2004. Po powrocie musiał zmierzyć się z zespołem stresu pourazowego.
Po otrzymaniu honorowego zwolnienia w 2006 poszedł do George Washington University, gdzie otrzymał kolejny bachelor's degree, tym razem z politycznego zarządzania.
Dymisja z wojska 19 marca 2007 Kokesh uczestniczył w antywojennych protestach, podczas których ubrany był w swój wojskowy mundur. W czasie trwania wydarzenia, ktoś zrobił mu zdjęcie, które następnie ukazało się w The Washington Post. 29 marca Adam otrzymał od majora Marine maila z informacją, że trwa śledztwo związane z wykroczeniem, jakiego dopuścił się Kokesh pojawiając się na politycznym wiecu w mundurze.
W maju 2007 Adam został zdymisjonowany.