Po rozpadzie Firehose w 1994 rozpoczął karierę solową nagrywając pierwszy album Ball-Hog or Tugboat? (1995) sygnowany własnym nazwiskiem. W tym czasie występował gościnnie z członkami zespołów: Sonic Youth, Beastie Boys, Nirvana, Soul Asylum i Screaming Trees. W 1996 zagrał na płycie Good God's Urge grupy Porno for Pyros. W 1997 nagrał drugi album Contemplating the Engine Room zawierający autobiograficzne wątki, a także utworzył z Stephenem Perkinsem eksperymentalną grupę Banyan. W 2003 został zaproszony przez Iggy’ego Popa do reaktywowanego zespołu The Stooges, w którym zastąpił zmarłego w 1975 Dave’a Alexandera.
W 1981 utworzył razem z D. Boonem i M. Tamburovichem wytwórnię fonograficzną New Alliance Records, którą sprzedali w 1985 Gregowi Ginnowi – właścicielowi SST Records.
Dyskografia Ball-Hog or Tugboat? (1995) Contemplating the Engine Room (1997) The Secondman's Middle Stand (2004) Hyphenated-Man (2011)
z Minutemen
z Minuteflag Minuteflag (1986)
z Firehose Ragin’, Full On (1986) If’n (1987) Sometimes, Almost Always (1988) Fromohio (1989) Flyin’ the Flannel (1991) Live Totem Pole (1992) Mr. Machinery Operator (1993)
z Dos Dos (1986) Justamente Tres (1996) Dos y Dos (2011)
z Crimony The Crimony E.P.