W 1938 przebywał w Rzymie, gdzie prowadził badania w Archiwum Watykańskim.
Podczas okupacji hitlerowskiej pracował najpierw w Komisji Likwidacyjnej MWRiOP, a od grudnia 1940 do powstania warszawskiego piastował stanowisko radcy prawnego w Urzędzie Patentowym. Od 1941 prowadził tajne wykłady prawa kościelnego dla studentów Wydziału Prawa UW. Uczestniczył również w dywersji propagandowej Armii Krajowej tzw. Akcji N. Po upadku powstania warszawskiego (w którym zginęli pasierb i brat Jakuba) poprzez obóz w Pruszkowie trafił do Krakowa, gdzie wykładał prawo kościelne na tajnych kompletach. Dojeżdżał także do Kielc aby prowadzić zajęcia dla studentów Wydziału Prawa Kanonicznego Katolickiego Uniwersytetu Lubelskiego. W 1945 jako zastępca profesora prowadził wykłady i ćwiczenia z prawa kościelnego na Wydziale Prawa UJGrażyna Bałtruszajtys, Jakub Sawicki 1899–1979, [w:] Profesorowie Wydziału Prawa i Administracji Uniwersytetu Warszawskiego 1808–2008, red. Grażyna Bałtruszajtys, Wydawnictwo Prawnicze LexisNexis, s. 185, ..