Służąc w Macedonii, biskup Auksencjusz zyskał ogromny autorytet wśród miejscowych prawosławnych Słowian. W 1858 odmówił wykonania polecenia patriarchy i przejścia z katedry weleskiej do eparchii Durrës, gdzie miałby sprawować opiekę duszpasterską jedynie nad Grekami i Albańczykami (ludność słowiańska nie zamieszkiwała terenu eparchii); argumentował, że pragnie nadal opiekować się prawosławnymi Słowianami.
Blisko współpracował z biskupem makariopolskim Hilarionem w jego działaniach na rzecz ustanowienia autokefalicznego Kościoła bułgarskiego, niezależnego od Patriarchatu Konstantynopola, jak również w bułgarskim ruchu narodowym. Poparł jego wystąpienie w dniu 3 kwietnia 1860, gdy biskup Hilarion podczas Świętej Liturgii nie wymienił imienia patriarchy konstantynopolitańskiego Joachima II, symbolicznie wypowiadając mu posłuszeństwo. W związku z tym został w roku następnym uwięziony z poduszczenia patriarchy, razem z biskupem Hilarionem i innym jego współpracownikiem, biskupem płowdiwskim PaisjuszemИларион Макариополски – борецът за църковна независимост. Hilarion i Auksencjusz zostali również pozbawieni godności kościelnych. Mimo to duchowny jeszcze przez trzy lata kontynuował dotychczasową działalność duszpasterską, dopóki w 1864 nie został zesłany w głąb Azji Mniejszej.