Wiosną 1241 roku mnich Kakuzan Ekan ze szkoły Daruma-shū przyprowadził swoich uczniów do tego klasztoru. Wkrótce stali się oni najważniejszymi uczniami Dōgena. Byli nimi m.in. Koun Ejō, Tettsū Gikai, Kangan Giin, Gien oraz Gijun. W tym klasztorze ukształtował się i osiągnął oświecenie starszy o dwa lata od Dōgena Koun EjōWilliam M. Bodiford. Sōtō Zen in Medieval Japan. s. 26..
Po przenosinach Dōgena do Echizen, gdzie wybudował Eihei-ji, Kenchō-ji był prowadzony przez Gijuna. Przyczyny opuszczenia klasztoru przez Dōgena nie są znane. Niektórzy z historyków przypuszczają, że mogły przyczynić się do tego ataki ze strony mnichów tendai, jednak teksty pisane wówczas przez mistrza nie wspominają o takich wypadkach. Również wspólnota mnichów pozostała w Kenchō-ji zdolna była do przeprowadzenia 90-dniowego letniego odosobnienia medytacyjnegoWilliam M. Bodiford. Sōtō Zen in Medieval Japan. s. 28..
Praktyka w klasztorze stopniowa zamierała, a w końcu został on całkowicie zniszczony w czasie wojen domowych w Japonii.