w ostatniej obronie Bibiano Fernandesa po czym zwakował tytuł i związał się kontraktem na wyłączność z WEC.
World Extreme Cagefighting W grudniu 2006 roku WEC zostało kupione przez korporację Zuffa, właściciela UFC, co było równoznaczne z większym prestiżem i pieniędzmi dla zawodników w tym dla Fabera który od razu po przejściu do WEC stoczył walkę w obronie pasa mistrzowskiego który zdobył w marcu 2006 roku. Faber zachował pas pokonując Joe Pearsona przed czasem. Pasa bronił jeszcze czterokrotnie pokonując m.in. Dominicka Cruza i Jensa Pulvera. Tytuł stracił 5 listopada 2008 w szóstej obronie na rzecz Michaela Browna, który ciężko znokautował Fabera i przerwał jego passę 13 wygranych pojedynków z rzędu. Lata 2009-2010 to zwycięstwa ponownie nad Pulverem i Raphaelem Assunção oraz dwie nieudane próby odebrania straconego tytułu w których ulegał w rewanżowym starciu Brownowi oraz José Aldo. W 2010 postanowił na stałe zejść wagę niżej czyli do kategorii koguciej. Na ostatniej gali WEC 52 która odbyła się 11 listopada 2010 pokonał Japończyka Takeya Mizugakiego.