Od 1881 właścicielem budynku był osiadły w Warszawie emerytowany generał rosyjski Agafon Wachwachow, a następnie spółka dwóch żydowskich przedsiębiorców Endelmana i Papiernego. W 1924 cała nieruchomość pomiędzy ulicami: Środkową i Kowelską została zakupiona przez miasto z przeznaczeniem na budowę szkoły powszechnej nr 89 przy ul. Kowelskiej 1 (obecnie LVXXVI LO im. Marszałka Józefa Piłsudskiego).
W maju 2005 pałacyk wraz z otoczeniem został wpisany do rejestru zabytków.
W 2006 grupa radnych dzielnicy Praga-Północ zgłaszała propozycję, aby w pałacyku Konopackiego utworzyć Muzeum Warszawskiej Pragi. Ostatecznie zdecydowano o lokalizacji tego muzeum na ul. Targowej. Rozważano również ulokowanie w pałacyku Muzeum Cudu nad Wisłą i Muzeum Wnętrz Mieszczańskich. W kolejnych latach grupa radnych podejmowała starania, aby powstało tam Muzeum Żołnierzy Wyklętych. Pod inicjatywą tą zebrano 4 tys. podpisów. W budynku po przeciwległej stronie skrzyżowania, przy ul. Strzeleckiej 8, znajdował się pion śledczy NKWD. W piwnicach zachowały się ślady potwierdzające użytkowanie piwnic w latach 1944–1948 na cele więzienne.
Zgodnie z zapisami Zintegrowanego Programu Rewitalizacji m.st.