Nowodworska w latach 1978–1991 organizowała liczne wiece opozycyjne, za co zatrzymano ją 17 razy. Trafiła do więzienia w sierpniu 1991 podczas moskiewskiego puczu. Na wolność wyszła 23 sierpnia. Po odzyskaniu wolności włączyła się do polityki.
We wrześniu 1993 poparła dekret Borysa Jelcyna o rozwiązaniu Rady Najwyższej. Rozwiązanie Rady doprowadziło do walk ulicznych w Moskwie. Podczas nich Nowodworska organizowała wiece poparcia dla prezydenta Rosji. W 1994 Nowodworska znalazła się wśród założycieli Demokratycznego Wyboru Rosji.
W grudniu 2006 Walerija Nowodworska przyznała, że największym sukcesem pokomunistycznej Rosji była próba samooczyszczenia podczas rządów Borysa Jelcyna oraz stworzenie instytucji wolności słowa. Według niej największą porażką było zaś dojście do władzy Władimira Putina.
W sierpniu 2008 opowiedziała się po stronie Gruzji podczas wojny w Osetii Południowej. Konsekwentnie krytykowała wojny z Czeczenią.
12 lipca 2014 zmarła. Prezydent Rosji Władimir Putin złożył kondolencje rodzinie i bliskim Nowodworskiej.