w wyniku prywatyzacji kapitałowej, udziały nabył Ciech SA – 66% oraz Rolimpex SA – 9%.
W związku z nową sytuacją rynkową Gdańskie Zakłady Nawozów Fosforowych „Fosfory” systematycznie rozszerzały asortyment nawozów: Agrafoska, Amofoska, Amofosmag oraz Superfosfat (wzbogacone o siarkę, wapń oraz inne mikroelementy).
W latach 1996–1997: uruchomiono linię do produkcji nawozów wieloskładnikowych NPK, rozbudowano magazyny dla towarów płynnych, zmodernizowano pakownię nawozów wraz z systemem załadunku na samochody i wagony, wybudowano instalację do podgrzewania i rozładunku cystern z ładunkami chemicznymi, zwiększono pojemność zbiorników baz eksportu nawozów płynnych, a także pojemności magazynów kwasu siarkowego, zmodernizowano nabrzeża portowe.
W 2003 r. uruchomiono alkaliczną absorpcję kwaśnych związków siarki, co pozwoliło zakwalifikować instalację produkcji kwasu siarkowego jako całkowicie spełniającą wymogi B.A.T.