W 1934 wnętrze świątyni ozdobiono obrazami Władysława Lisikiewicza, który zostały namalowane w archaicznym, klasycyzującym stylu, rok później dokończono remont organów. Ponieważ w dwudziestoleciu Kleparów rozwijał się w bardzo szybkim tempie postanowiono ok. 1936, że powstanie nowa świątynia będąca wotum za odparcie bolszewików w 1920. Jej projekt opracował w 1939 Witold Jan Rawski, ale wybuch II wojny światowej przekreślił te plany. W 1938 parafię objął ostatni przedwojenny proboszcz, reformata o. Dominik Kościał. W 1946 został zmuszony do opuszczenia parafii i razem ze swoimi parafianami wysiedlony do Polski. Zabrał ze sobą bogato zdobione naczynia liturgiczne, które trafiły do kościoła św. Henryka we Wrocławiu oraz do kościoła św. Erazma i Pankracego w Jeleniej Górze. Opuszczony kościół został przez władze przeznaczony na magazyn i nie będąc remontowany pełnił tę funkcję do 1992, kiedy to po zmianie ustroju został przekazany ukraińskiemu kościołowi greckokatolickiemu. Przebudowa i remont trwały pięć lat, 6 lipca 1997 odbyła się konsekracja razem z uroczystym nadaniem nowego patrona, którym został św. Jan Chrzciciel.