W 1990 miało miejsce dalsze ograniczanie nakładów finansowych na inwestycję. Środki przewidziane w ustawie budżetowej na ten rok pokryły trzecią część rzeczywistych potrzeb. Konieczne było zaciągnięcie kredytu na zasadach komercyjnych, którego udzielił Państwowy Bank Kredytowy. Skoncentrowano się na pracach nad pierwszym odcinkiem, a rozpoczęte w 1988 roboty na odcinku śródmiejskim wstrzymano. Ponadto zdecydowano o nierealizowaniu stacji A12 Plac Konstytucji i A16 Muranów. Do inwestycji włączył się Bank Światowy, a także nasiliły się kontakty z firmami zagranicznymi zainteresowanymi nawiązaniem współpracy przy budowie. 9 lutego 1990 z ZSRR na STP Kabaty została dostarczona partia 10 z zadeklarowanych 90 wagonów mających obsługiwać linię M1. Przyjazd kolejnych 50 był przewidywany w 1992, a ostatnie 30 miało dotrzeć w 1993.
W 1991 utrzymywał się niski poziom finansowania, a ponadto pojawiły się problemy z dostawami taboru i współpracą z podmiotami zagranicznymi. Zasady organizacji budowy i eksploatacji metra zostały poddane ocenie Najwyższej Izby Kontroli, władz miasta i Banku Światowego. W GDBM nastąpiły zmiany kadrowe i organizacyjne oraz dokonała się dwukrotna zmiana na stanowisku pełnomocnika rządu ds. budowy stołecznego metra. 10 lipca 1991 rozpoczęto montaż trzeciej szyny.