Odtąd miejsce to roztaczało Cień.
W południowej części lasu gęsty strop gałęzi, przez który nie mógł przebić się ani jeden promyk słońca tworzył mrok, który potęgowała obecność Cienia z Dol Guldur. Część północna, którą władali elfowie z Leśnego Królestwa, była jaśniejsza, gdyż Cień jej nie sięgał.
Puszczę tę zamieszkiwały straszliwe stwory, które dotarły tam wraz z przybyciem Saurona. Należały do nich orkowie oraz ogromne pająki. Istnieją przypuszczenia, iż są one potomkami Ungolianty przez Szelobę. Mroczną Puszczę zamieszkiwały także czarne wiewiórki, nietoperze i czarne motyle. W 2941 roku Trzeciej Ery przez Mroczną Puszczę przeszła Kompania Thorina. Natknęła się ona między innymi na zatruty strumień płynący przez Puszczę.
Po Wojnie o Pierścień i odparciu ataków na Lothlórien Celeborn i Galadriela zaatakowali, zdobyli i zburzyli Dol Guldur. Następnie oczyścili Mroczną Puszczę ze sług Saurona. 6 kwietnia 3019 roku Trzeciej Ery Thranduil i Celeborn, reprezentujący dwa królestwa elfów leśnych, podzielili Puszczę i nadali jej nową nazwę, Eryn Lasgalen (Las Zielonych Liści). Południową część przejął Celeborn i nazwał ją Wschodnim Lórien. Thranduil określił granice swojego królestwa. Objął panowanie nad lasem do pasma Gór Mrocznej Puszczy.