Podczas II wojny światowej od stycznia 1942 służył jako doradca powietrzny gen. Josepha Stilwella w Chinach, w sierpniu 1942 objął dowództwo 10. Armii Lotniczej (10th Air Force) w Indiach i Birmie. Powrócił do USA w sierpniu 1943. We wrześniu 1943 został asystentem szefa sztabu Army Intelligence United States Air Force w Waszyngtonie i służył tam do końca wojny.
Od lutego 1944 do stycznia 1946 generał Bissel pełnił funkcję zastępcy szefa wywiadu Wydziału Wojny G-2 (wywiad) Sztabu Generalnego. W tym okresie, 22 maja 1945, ppłk John H. Van Vliet Jr. (który 13 maja 1943 jako jeniec oflagu został przewieziony do Katynia i był świadkiem ekshumacji ofiar pomordowanych polskich oficerów z 1940), przekazał mu raport (tzw. „Raport van Vlieta”; ang. Van Vliet Report), w którym stwierdził, że odpowiedzialność za zbrodnię katyńską ponosi ZSRR electronicmuseum.ca [dostęp 2011-08-11]. Tuż przed przekazaniem mu raportu przez płk Van Vlieta Rząd RP na uchodźstwie odznaczył gen. Bissela Krzyżem Komandorskim Orderu Odrodzenia Polski. Bissel nakazał van Vlietowi milczenie i utajnił raport, nadając mu klauzulę „Top Secret” („ściśle tajne”).