W górnej części ołtarza zamieszczono figurę Chrystusa z aniołami po obu stronach. Ołtarz zazwyczaj zamykany jest w okresie Wielkiego Postu. Pozostałe wyposażenie prezbiterium (ołtarz liturgiczny, ambona, krzesła) wykonane zostały współcześnie i w swej formie nawiązują do neogotyku. W prezbiterium zainstalowano również witraże przedstawiające świętych. Część z nich pochodzi z 1916 roku, część z 2002 roku. Na wschodniej ściany nawy przy prezbiterium umieszczona została neogotycka ambona z baldachimem.
Wyposażenie kaplicy patronów pochodzi z XVII i XVIII wieku. W zamknięciu kaplicy znajduje się ołtarz barokowy, przyścienny z obrazem pośrodku przedstawiającym patronów świątyni: Maryję z Dzieciątkiem, św. Jadwigę oraz św. Jakuba. Mensa ołtarzowa w formie sarkofagu. Po bokach obrazu ustawiono figury świętych: św. Jana Chrzciciela oraz nieznanego świętego z księga w ręku. W kaplicy umieszczono również XVII-wieczny nagrobek Stanisława Kierskiego i jego żony Anny z Brodnickich oraz epitafium ks. Ignacego Serdeckiego. Od 2013 roku w kaplicy przechowuje się również relikwie św. Jana Pawła II, które wystawione są do publicznego kultu.