Po tych wydarzeniach wysłała poufny raport do Józefa Stalina, w którym bardzo krytycznie opisała postępowanie organów władzy radzieckiej w Białymstoku, Pińsku, Mińsku, Mohylewie, Homlu, Bobrujsku i Słucku (ewakuowanie wyłącznie własnych rodzin, brak komunikacji, ucieczka, pozostawienie mieszkańców bez opieki). Raport Kobryńskiej bezpośrednio obciążał obwodowe organy partyjne i NKWD. Dokument 23 lipca 1941 trafił na biurko Gieorgija Malenkowa, jednak w tym czasie władze ZSRR zdecydowały już, że odpowiedzialność za tę sytuację poniesie wojsko, a nie partia (aresztowano całe dowództwo Frontu Zachodniego, a siedmiu generałów rozstrzelano).
W 1941 wezwana do Moskwy, gdzie na niecałe dwa lata objęła stanowisko redaktora audycji polskich we . W maju 1943 została pracownikiem Zarządu Politycznego Frontu Południowo-Zachodniego (późniejszego 3 Frontu Ukraińskiego). Od kwietnia 1944 kierowała Wydziałem Politycznym Polskiego Sztabu Partyzanckiego. Po wyzwoleniu Białegostoku spod okupacji niemieckiej krótko pracowała w tamtejszym Komitecie Wojewódzkim PPR. Następnie na stanowisku zastępcy dyrektora Centralnej Szkoły Partyjnej (1944–1946). Jej zaangażowanie ideologiczne zostało skrytykowane w 1945 na posiedzeniach organów partii przez Władysława Gomułkę i Helenę Kozłowską.