Pogrzebano go w bezimiennej mogile zbiorowej, gdzie od 28 lipca 2000 mieści się oficjalnie Polski Cmentarz Wojenny w Katyniu. W miejscu tym prowadzone były ekshumacje i prace archeologiczne. W 1943 jego ciało zidentyfikowano podczas ekshumacji prowadzonych przez Niemców pod numerem 480. Przy zwłokach Edmunda Chojeckiego zostały odnalezione m.in. legitymacja oficerska, legitymacja Orderu Virtuti Militari i dokument jego nadania, trzy pocztówki, dwa listy oraz pugilares. Figuruje na liście wywózkowej 015/2 z 5 kwietnia 1940, poz. 31.

Był żonaty z Marią z Mojewskich, z którą miał córkę Krystynę.

Upamiętnienie 5 października 2007 minister obrony narodowej Aleksander Szczygło awansował go pośmiertnie do stopnia podpułkownikaDecyzja Nr 439/MON Ministra Obrony Narodowej z dnia 5 października 2007 roku w sprawie mianowania oficerów Wojska Polskiego zamordowanych w Katyniu, Charkowie i Twerze na kolejne stopnie oficerskie. Decyzja nie została ogłoszona w Dzienniku Urzędowym MON.. Awans został ogłoszony 9 listopada 2007 w Warszawie, w trakcie uroczystości „Katyń Pamiętamy – Uczcijmy Pamięć Bohaterów”.

W ramach akcji „Katyń... pamiętamy” / „Katyń...