1 lipca 1965 WOP podporządkowano Ministerstwu Obrony Narodowej, Dowództwo WOP przeformowano na Szefostwo WOP z podległością Głównemu Inspektoratowi Obrony Terytorialnej. Do Ministerstwa Spraw Wewnętrznych odeszła cała kontrola ruchu granicznego oraz ochrona GPK. Jesienią 1965 GPK Trzebież weszła w podporządkowanie Wydziału Kontroli Ruchu Granicznego Komendy Wojewódzkiej Milicji ObywatelskiejZarządzenie Prezesa RM z 24.06.1965 ()..
1 października 1971 WOP został podporządkowany pod względem operacyjnym, a od 1 stycznia 1972 pod względem gospodarczym MSW. Do WOP powrócił cały pion kontroli ruchu granicznego wraz z przejściami. Przywrócono jednolity system ochrony granicy państwowej.
W 1976 zniesiona została numeracja brygad WOP. Wówczas to zarządzeniem DWOP z 17 lutego 1976 i 25 lipca 1976 przyjęto tylko nazwę „regionalną” Pomorska Brygada WOP. GPK Trzebież podlegała bezpośrednio pod sztab Pomorskiej Brygady WOP w Szczecinie i tak funkcjonowała do 15 maja 1991.
Straż Graniczna: 15 maja 1991 po rozwiązaniu Wojsk Ochrony Pogranicza, od 16 maja 1991 ochronę granicy państwowej przejęła nowo sformowana Straż Graniczna.